Bowtie

Bowtie 是一款短序列比对工具，用于把高通量测序产生的短读段快速映射到参考基因组序列上，属于生物信息学分析流程中的基础环节。它通常以命令行程序的形式使用，输入是测序读段文件，输出是每条读段在参考基因组上的比对位置。

在实际分析流程里，它往往不是单独使用，而是作为上游比对步骤，接上变异检测、表达量统计或宏基因组分类等下游工具。常见的使用方式是先对参考基因组建立索引，再用索引执行比对，从而避免每次分析都重新处理参考序列。

不同用户的使用方式差别明显：做基础科研的分析人员会把它嵌进脚本化的流程里批量跑样本；搭建分析平台的人会把它作为流水线中的一个固定环节；而不熟悉命令行的实验人员通常需要依赖别人封装好的流程或图形界面来间接使用。

当你要在有限硬件上批量比对短读段、并且希望把比对步骤嵌进脚本流程时，Bowtie 是合适的选择，速度快、内存友好这两点对常规服务器很实用。但如果你不习惯命令行、需要图形界面点选操作，或者分析对象是长读段而不是短读段，就不太合适，需要改用更匹配的工具或别人封装好的流程。