GenomeComp

它把多个微生物基因组放在一起做比较，并用图形方式把比对结果画出来。使用者提交待比较的基因组，工具完成比对后给出可视化视图，方便观察哪些区段保守、哪些区段发生了重排或缺失。它处理的是比较和展示这一步。

不需要。它以网页形式提供，在浏览器里提交任务、查看结果即可，省去了在本地安装比对软件和配置依赖环境的过程。不过比对结果怎么解读、参数怎么理解，仍然需要使用者自己具备微生物基因组比较的基础知识。

不适合。它的输入应该是已完成组装和注释的基因组，原始测序读长需要先经过组装、注释等上游处理。如果直接提交未处理的序列，比对图上会缺少基因层面的标注，能读出的信息很有限。

通用比对软件给出的是比对结果本身，后续画图、整理往往要自己写脚本。GenomeComp 把比较和可视化合在一起，面向微生物基因组这一对象，出图可以直接用于分析和汇报，代价是灵活度不如自己拼命令行流程。