配体—蛋白对接
把底物、候选药物等小分子对接到已知三维结构的受体蛋白上，预测其可能的结合方式，是工具套件的核心能力。
价格官网未标价
平台Web / API
归类其他 AI 工具
收录2026-10-11
复核2026-10-11
编辑评分
4.2 / 5
★★★★☆
AUTODOCK编辑总结
AutoDock 是 Scripps 研究所开发的一套自动化分子对接工具，用来预测底物、候选药物等小分子如何与已知三维结构的受体结合。当前主力引擎为 AutoDock-GPU 与 AutoDock Vina v1.2.x，均从 2021 年起在 GitHub 上持续维护；本站所依托的 AutoDock 4.2.6 最后一次修订为 2014 年 7 月，现主要作为资料保留。工具覆盖虚拟筛选、基于结构的药物设计、先导化合物优化等场景。官网未公开价格与授权条款，属学术科研用途时可直接获取源码使用。
AUTODOCK是什么？
AutoDock 由 Scripps 研究所开发，是一套用于自动化分子对接的工具集，核心目的是预测小分子（如底物或候选药物）如何与已知三维结构的受体蛋白结合。它面向药物化学、结构生物学方向的研究人员，也被用于虚拟筛选和化学生物学机理研究。
当前官方主推的对接引擎是 AutoDock-GPU（2021 年至今）和 AutoDock Vina v1.2.x（2021 年至今），二者均在 GitHub 上开放。早期的 AutoDock 4 版本由两个主程序构成：autodock 负责把配体对接到描述靶蛋白的网格中，autogrid 负责预计算这些网格；AutoDock Vina 则省去了选择原子类型和预计算网格图的步骤，改为按需在内部即时计算。旧版 AutoDock Vina v1.1.2 有独立站点 vina.scripps.edu。
普通用户通常会配合 AutoDockTools（ADT）图形界面使用，用它设定配体中哪些键可旋转、并对对接结果做分析；开发者可直接调用 autodock、autogrid 等命令行程序，把对接流程嵌入自己的计算管线；做大规模虚拟筛选的团队则更适合使用 GPU 版本以提高批量处理能力。官网首页所介绍的 AutoDock 4.2.6 现已转为信息存档，最新进展以链接的 GitHub 项目页和新的资源导航站 rsd3.scripps.edu 为准。
AUTODOCK核心功能
网格预计算
AutoDock 4 的 autogrid 程序负责预先计算描述靶蛋白的原子亲和网格，autodock 再基于这些网格完成对接。
亲和网格可视化
预计算出的原子亲和网格除用于对接外还可直接可视化，帮助有机合成化学人员设计结合能力更强的分子。
Vina 免网格设置
AutoDock Vina 不需要手动选择原子类型和预计算网格图，而是按需要的原子类型在内部即时计算，省去前期设置步骤。
图形界面 ADT
AutoDockTools（ADT）提供图形化操作，可设定配体中哪些键按可旋转处理，并对对接结果进行分析。
GPU 加速引擎
AutoDock-GPU 自 2021 年起在 GitHub 维护，是官方推荐用于替代旧版 AutoDock 4.2.6 的当前引擎之一。
官方说明 ↗适用研究场景
包括的典型用途包括 X 射线晶体学、基于结构的药物设计、先导化合物优化、虚拟筛选（HTS）、组合库设计与蛋白—蛋白对接。
AUTODOCK值不值得用？
做小分子—蛋白对接的科研项目，尤其是需要把对接流程嵌入自有计算管线或做批量虚拟筛选时，AutoDock 是可选方案之一，当前主力引擎为 AutoDock-GPU 与 AutoDock Vina v1.2.x，二者自 2021 年起持续维护。若只是偶尔跑几个分子、希望有成熟图形界面且不想自己配置环境，则需要评估 AutoDockTools 的配置成本是否可接受。注意官网主站围绕 2014 年 7 月修订的 AutoDock 4.2.6 建立，最新代码和说明已迁移至 GitHub 项目页与新资源站，功能与文档以那边为准。
建议选它的情况
- 需要把分子对接嵌入自定义脚本或批量计算流程的研究者
- 做虚拟筛选（HTS）、组合库设计等大批量对接任务的团队
- 想利用 GPU 版本加快对接速度的项目
- 做基于结构的药物设计、先导化合物优化的课题组
不建议选它的情况
- 希望开箱即用、完全不配置命令行环境的纯新手
- 只做少量对接、不愿投入时间学习 ADT 图形界面的用户
- 需要官方直接提供付费技术支持与 SLA 保障的商业项目
AUTODOCK使用建议
入门先把路子走对
- 先确认用哪个引擎官网主站围绕 AutoDock 4.2.6 构建，但新项目建议从其链接的 GitHub 页面了解 AutoDock-GPU 与 AutoDock Vina v1.2.x 的用法。
- 用 ADT 做前期准备在 AutoDockTools 中设定配体的可旋转键，再导出对接所需的输入文件，可以减少手写配置文件的出错概率。
- 订阅邮件列表提问遇到安装或参数问题时，可按官网 Support 区块的指引订阅 AutoDock 邮件列表，向社区提问和检索历史讨论。
进阶省时间也省钱
- 大批量任务用 GPUAutoDock-GPU 自 2021 年起维护，适合需要跑大量化合物的虚拟筛选场景，可优先评估它的吞吐能力。
- 让 Vina 内部算网格AutoDock Vina 会按需在内部即时计算所需原子类型的网格，省去手动选原子类型和预计算网格图的步骤。
- 可视化网格辅助设计把原子亲和网格可视化后，可对照受体口袋的亲和分布调整分子结构，帮助设计结合更强的配体。
AUTODOCK适合谁用？
结构生物学研究者
推荐需要根据已知三维结构的受体预测小分子结合方式，AutoDock 的 autodock/autogrid 流程可直接对接这类研究。
药物化学与先导优化团队
推荐用于基于结构的药物设计与先导化合物优化，还可借助亲和网格可视化指导合成化学人员改进设计。
做虚拟筛选的计算团队
推荐包括的典型场景包含虚拟筛选（HTS）与组合库设计，批量任务更适合从 2021 年起维护的 AutoDock-GPU 入手。
缺少命令行经验的初学者
有条件AutoDock 4 由 autodock、autogrid 等程序组成，虽配套 AutoDockTools 图形界面，仍需要一定配置与参数学习成本。
需要官方商业支持的用户
有条件官网未公开商业授权与付费支持方案，企业项目若依赖合同级技术支持，需先自行确认授权与支持渠道。
AUTODOCK优点和缺点
优点
- 从 2021 年起由 AutoDock-GPU 与 AutoDock Vina v1.2.x 持续维护
- Vina 免去手动选择原子类型与预计算网格图的步骤
- 原子亲和网格可可视化，辅助设计结合更强的配体
- 配套 AutoDockTools 图形界面，可设定可旋转键并分析结果
- 覆盖虚拟筛选、基于结构的药物设计等多种研究场景
- 提供邮件列表作为提问与讨论渠道
缺点
- 主站围绕 2014 年 7 月修订的 AutoDock 4.2.6 建立，已转为信息存档
- 最新代码与文档分散在多个 GitHub 项目页和新站点
- AutoDock 4 需要分别运行 autodock 与 autogrid 两个程序
- 授权条款与付费支持方案
- 未说明是否提供云端服务，需自行准备计算环境
AUTODOCK常见问题
AutoDock 是免费的吗？＋
授权条款与付费支持方案。主站说明其围绕 AutoDock 4.2.6 构建并作为信息用途保留，当前引擎 AutoDock-GPU 与 AutoDock Vina v1.2.x 的源码托管在 GitHub 项目页，具体授权与使用条件以官方页面为准。
现在应该用哪个版本？＋
说明大部分蛋白—配体对接的方法和流程已在当前引擎中重新实现，当前引擎为 AutoDock-GPU（2021 年至今）和 AutoDock Vina v1.2.x（2021 年至今）。主站所围绕的 AutoDock 4.2.6 最后一次修订是 2014 年 7 月，现主要作为资料保留。
AutoDock 4 和 AutoDock Vina 有什么区别？＋
AutoDock 4 由 autodock 与 autogrid 两个主程序组成：autodock 把配体对接到描述靶蛋白的网格上，autogrid 负责预计算这些网格。AutoDock Vina 不需要选择原子类型和预计算网格图，而是按需在内部即时计算所需原子类型的网格。
有没有图形界面，不用写命令行？＋
有，官方开发了名为 AutoDockTools（简称 ADT）的图形界面，可用来设定配体中哪些键按可旋转处理，并对对接结果进行分析。但 AutoDock 4 的核心仍由 autodock、autogrid 等程序构成，完全脱离命令行使用仍需评估。
AutoDock 能用来做什么研究？＋
包括的应用包括 X 射线晶体学、基于结构的药物设计、先导化合物优化、虚拟筛选（HTS）、组合库设计、蛋白—蛋白对接以及化学机理研究。其基本用途是预测底物、候选药物等小分子如何与已知三维结构的受体结合。
遇到问题去哪里求助？＋
提供了 Support 区块，指引用户订阅 AutoDock 邮件列表，用于提问、获取支持和参与讨论。可以通过官网链接的 GitHub 项目页了解最新进展与相关说明。
