经典分子动力学
以材料建模为核心的经典分子动力学代码,用于模拟原子随时间的运动与相互作用,是理解材料微观行为的基础手段。
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LAMMPS 全称 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,是一套以材料建模为核心的经典分子动力学代码,由桑迪亚国家实验室相关团队维护。它既能处理固态材料中的金属与半导体,也能处理软物质中的生物分子与聚合物,还可用于粗粒化或介观体系。代码基于消息传递与空间分解并行,可在单处理器或多处理器上运行,并提供面向 CPU、GPU 与 Intel Xeon Phi 的加速版本。它被设计为便于修改和扩展新功能,适合有编程能力的研究者自行改造。
LAMMPS 是一套经典分子动力学代码,全称 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,核心用途是材料建模。它面向做原子尺度与介观尺度模拟的研究者,联系人为 Stan Moore(stamoor@sandia.gov),官网提供软件页面与下载入口。
从官网可确认的能力看,它内置面向固态材料(金属、半导体)与软物质(生物分子、聚合物)的势函数,也支持粗粒化或介观体系。它既能逐个建模原子,也可更一般地作为原子、介观或连续尺度上的并行粒子模拟器使用。
在运行方式上,LAMMPS 可跑在单处理器上,也可通过消息传递技术与模拟域的空间分解实现并行计算。它的多个模型都提供了在 CPU、GPU 和 Intel Xeon Phi 上加速的版本。代码本身被设计成容易修改和扩展,方便使用者加入新功能。
以材料建模为核心的经典分子动力学代码,用于模拟原子随时间的运动与相互作用,是理解材料微观行为的基础手段。
内置面向固态材料(金属、半导体)与软物质(生物分子、聚合物)的势函数,也覆盖粗粒化或介观体系,可跨尺度建模。
既可以逐个原子建模,也能更一般地作为并行粒子模拟器使用,作用范围覆盖原子、介观与连续尺度。
可运行在单处理器上,也可借助消息传递技术与模拟域的空间分解实现并行计算,适配从小规模到大规模的任务。
许多模型提供加速版本,可在 CPU、GPU 和 Intel Xeon Phi 上获得更高性能,便于按现有硬件条件选择执行方式。
代码被设计成容易修改或用新功能扩展,研究者可以在其基础上实现自定义的模型与算法,而不必从零搭建框架。
研究金属、半导体等固态材料微观行为时,可直接使用内置势函数搭建模拟,省去自行实现分子动力学内核的工作量。
做生物分子、聚合物等软物质模拟时,可用其内置势函数与粗粒化能力;但具体力场是否覆盖你的体系,需要先核对官网说明。
需要自定义模型或算法时,代码被设计为易于修改和扩展,适合在其基础上二次开发;不具备编程背景则上手门槛较高。
官网未公开授权条款与商用许可范围,将其用于商业项目前需先向官方确认授权细节。
它是一套经典分子动力学代码,重点是材料建模。可用于模拟金属、半导体等固态材料,也支持生物分子、聚合物等软物质以及粗粒化或介观体系,还能作为原子、介观、连续尺度上的通用并行粒子模拟器。
说明其势函数覆盖固态材料(金属、半导体)与软物质(生物分子、聚合物),以及粗粒化或介观系统。具体到某一种力场是否包含在内,选用前需要自行核对。
可以。LAMMPS 能在单处理器上运行,也能通过消息传递技术与模拟域空间分解做并行计算;它的许多模型都提供了加速版本,可在 CPU、GPU 和 Intel Xeon Phi 上运行。
可以。明确说明这套代码被设计成容易修改或用新功能扩展,适合需要自定义模型、算法或在现有框架上二次开发的研究者,不必从零搭建分子动力学内核。
提供软件页面与下载入口。包括的联系人是 Stan Moore,邮箱 stamoor@sandia.gov,可用于咨询软件相关问题。
| 工具 | 编辑评分 | 价格 | 核心功能 | 平台 |
|---|---|---|---|---|
| Lammps本工具 | 4.2 | 未标价 | 经典分子动力学;多类势函数;跨尺度粒子模拟;单机与并行运行 | Web |
| SIESTA | — | 未标价 | 用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟 | — |
| EGO | — | 未标价 | 模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序 | — |
| DL_POLY | — | 未标价 | 一款通用的经典分子动力学软件,能方便地在分布式存储并行计算机上对大分子、聚合物、离子系统 | — |
| NWChem | — | 未标价 | 使用标准量子力学方法描述电子波函数或密度,计算分子和周期性系统的特性,还可进行经典分子动 | — |
| PWmat | — | 未标价 | 原子尺度方面的材料模拟软件包,它基于第一性原理,利用平面波基组、赝势方法进行电子结构计算 | — |