MrBayes

MrBayes 是一个用于系统发育推断的命令行程序，采用贝叶斯统计方法，从 DNA、RNA 或蛋白质序列比对数据中估计物种或基因之间的进化关系。它由学术团队开发并长期维护，主要面向做分子系统学、进化生物学和群体遗传学研究的人员。

它的工作方式是构建一个包含树拓扑、分支长度和核苷酸替换模型参数的联合后验分布，再用 MCMC 方法对这个分布采样。软件内置了多种核苷酸与氨基酸替换模型，支持把不同基因、不同密码子位置拆成分区分别指定模型，还支持混合模型来处理异质性。跑完后会输出参数采样日志和树文件，需要用户自己判断链是否收敛、采样是否充分。

普通研究者通常用它做多基因联合建树或物种界定分析；有一定计算基础的用户会把它挂到集群或服务器上长时间跑；不熟悉命令行和统计推断的人，往往需要先借用带图形界面的替代工具，或请人代跑。

当你要做多基因联合的贝叶斯建树、并且愿意花时间调参和看收敛诊断时，MrBayes 是这一路线里被广泛引用的选择。当你的数据量不大、只想快速得到一棵树，或者你完全不熟悉命令行和 MCMC 诊断时，换用带图形界面的建树工具会更省事。它本身不负责比对、不负责剪接、也不负责画图，这些环节都要靠别的软件补齐，把它当成建树流水线里的一环而不是整套方案，用起来才顺手。