PAML

PAML 是一套系统发育分析软件包，由伦敦大学学院的团队开发并长期维护，核心方法是用最大似然法对 DNA 或蛋白质序列做进化推断。它更像一组研究工具的集合，而不是单一程序。

软件包内包含若干独立的可执行程序，各自负责不同任务：有的用于从序列比对出发构建和评估系统树，有的用于估算序列间的替换速率与分化时间，还有的专门用于检测编码序列上的选择压力。这些程序共享统一的序列格式与控制文件写法，用户通过编写控制文件来指定模型、树结构和分析选项。软件以命令行方式运行，自身不提供图形界面。

典型用法是先在其它工具里完成多序列比对，再把比对结果交给 PAML 做模型拟合。研究者常把它用于比较不同进化模型对同一批序列的拟合优劣、估算分支上的速率变化，或判断某个基因是否经历过正选择。教学中它也被当作讲解最大似然原理的具体例子。