浏览注释检索
利用疾病本体、分子功能等多种本体与层级分类体系的注释来查找 PDB 结构，适合从功能或疾病角度反查结构。
价格开放获取，免费使用
平台Web / API
归类论文与学术
收录2026-10-12
复核2026-10-12
编辑评分
4.1 / 5
★★★★☆
PDB蛋白质结构编辑总结
RCSB PDB 是 Worldwide PDB 合作组织的成员，提供生物大分子三维结构数据的搜索、可视化与分析工具。档案收录 260,626 个 PDB 结构、405 个计算结构模型库（CSM）记录达 1,062,058。最大优势是开放获取、数据规模大、检索维度丰富；短板在于以科研数据结构为主，非结构生物学背景的读者上手门槛较高。
PDB蛋白质结构是什么？
RCSB PDB 是 Worldwide PDB 合作组织的成员之一，负责运营蛋白质数据库（PDB）这一生物大分子三维结构的数据档案。档案内容包括生物大分子的原子坐标、参考文献、一级和二级结构信息，以及晶体结构因数和 NMR 实验数据。
平台围绕三维结构数据提供了一整套检索与分析工具，覆盖浏览注释、化学相似性、基因组视图、3D 基序搜索、3D 相似性搜索、序列注释、序列基序搜索、序列相似性搜索、结构属性搜索和成对结构比对等方向。当前档案收录 260,626 个 PDB 结构、405 个计算结构模型（CSM）记录为 1,062,058。wwPDB 正在庆祝 PDB 开放获取结构生物学 55 周年。
普通用户可以借助 PDB-101 的教育资源和 Mol* 等 3D 查看器了解结构；研究人员可以用序列、3D 形状或化学式检索目标结构并进行比对；开发者和数据使用者可以调用 3D 相似性搜索中的 AI/ML 向量嵌入等能力，将结构数据接入自己的分析流程。
PDB蛋白质结构核心功能
化学相似性搜索
支持用 SMILES、InChI 或化学式检索小分子，用于定位包含特定配体或化合物的结构条目。
3D 相似性与基序搜索
3D 相似性搜索用 AI/ML 生成的向量嵌入查找形状相近的结构；3D 基序搜索定位具有催化或结合位点等功能的相似残基空间排布。
序列与基因组视图
序列相似性搜索采用 MMseqs2 方法，序列基序搜索针对保守区域，基因组视图展示 PDB 实体序列、基因与基因组之间的对应关系。
结构与属性检索
结构属性搜索支持用文本或数值型结构属性，配合 AND/OR 逻辑搭建复杂查询；成对结构比对可选用多种方法计算两条结构的对齐结果。
序列注释查看器
以图形化摘要展示蛋白质特征及其与 UniProtKB 条目的关系，把序列注释映射到蛋白质组装体的三维结构上。
官方说明 ↗Mol* 三维查看器
内置 Mol* 查看器，支持文件操作、选择、按序列导航、显示管理与常见操作，并提供沉浸式 AR/VR 支持与速查表。
PDB-101 教育资源
面向教学与科普的 PDB-101 提供「分子之月」、结构生物学与诺贝尔奖专题、生物技术专题等材料，图像资源免费使用。
PDB蛋白质结构值不值得用？
当你要查某个蛋白质或核酸的三维结构、做序列或形状层面的结构检索、或者把结构数据接入分析流程时，RCSB PDB 是首选入口——档案收录 260,626 个 PDB 结构和 1,062,058 个计算结构模型计算条目，检索维度覆盖序列、3D 形状、化学式与基因组位置，且全部开放获取。当你要做通用文献检索或引文管理时，它不是合适工具，应该去找专门的学术检索与文献管理产品。非结构生物学背景的读者建议从 PDB-101 的教育材料和 Mol* 查看器入手，直接进高级检索容易迷失。
建议选它的情况
- 需要检索或下载生物大分子三维结构坐标数据的研究人员
- 要用序列、3D 形状或化学式查找相似结构的结构生物学与药物设计团队
- 需要把结构数据接入自有分析流程、使用 3D 相似性向量嵌入的开发者
- 面向学生讲解结构生物学、需要免费教学素材的教师
不建议选它的情况
- 只想做通用学术文献检索与引文管理，不涉及三维结构数据的用户
- 需要中文界面与中文文档支持的初学者
PDB蛋白质结构使用建议
入门先把路子走对
- 先走一遍新手引导从 PDB-101 的「理解 PDB 数据：PDB IDs」和 PDBx/mmCIF 入门指南开始，先弄清 PDB ID 与文件格式，再进主站检索。
- 按 ID 直接查已知 PDB ID 时直接在站内查询该条目，结构摘要页会汇总三维可视化、注释、实验、序列、基因组与配体信息。
- 用结构摘要页导航进入结构摘要页后按「注释 / 实验 / 序列 / 基因组 / 配体 / 版本」分区浏览，比在检索页反复筛选更快定位到目标信息。
- 用 Mol* 看结构在 3D 查看器里用 Mol* 速查表对照操作，先学会选择、按序列导航和显示管理三件事，就能完成大部分日常查看。
进阶省时间也省钱
- 组合高级检索条件用结构属性搜索的 AND/OR 逻辑把文本型与数值型结构属性组合成复杂查询，比逐条筛选项更快收敛到目标结构集。
- 按形状找结构目标结构没有可靠序列同源物时，改用 3D 相似性搜索的 AI/ML 向量嵌入按形状召回，再回到序列层面确认。
- 用聚类代替逐条比对结果集较大时先用基于序列的聚类与分组摘要页归并，再对代表性条目做成对结构比对，减少重复计算。
- 留意新版 Beta 档案PDB 正在迁移到新的 Beta 档案格式并启用扩展 PDB ID，涉及 PDBx/mmCIF 的工作流建议参加对应的线上培训或提前验证。
PDB蛋白质结构适合谁用？
结构生物学研究人员
推荐需要下载原子坐标、比对结构、查看晶体结构因数或 NMR 实验数据，档案的检索维度与数据量能覆盖日常研究需求。
药物设计与计算化学团队
推荐可用 SMILES、InChI 或化学式做化学相似性检索，定位含特定配体的结构，并用 3D 基序搜索分析结合位点。
研究生与高年级本科生
推荐课程作业或入门研究可从 PDB-101 教育材料与 Mol* 查看器起步，先建立结构直觉再使用高级检索。
科研软件开发者
有条件可基于 3D 相似性搜索的向量嵌入和成对结构比对能力构建分析流程，但需要自行处理结构数据格式与版本迁移。
非生物背景的普通读者
不推荐若只是泛泛了解生物学知识，站内检索以英文科研术语为主，上手成本高于一般科普站点。
PDB蛋白质结构优点和缺点
优点
- 档案收录 260,626 个 PDB 结构与 1,062,058 个计算结构模型条目，规模大
- 开放获取，PDB-101 教育资源与图像均可免费使用
- 检索维度覆盖序列、3D 形状、化学式、基因组位置与结构属性
- 3D 相似性搜索采用 AI/ML 生成的向量嵌入，可不依赖序列同源性找结构
- 序列相似性搜索采用 MMseqs2 方法，并有基于序列的聚类与分组摘要页
- 提供 Mol* 三维查看器并支持沉浸式 AR/VR
缺点
- 检索与注释术语以英文科研词汇为主，非专业读者门槛高
- 高级检索需要理解本体、酶分类、对称性等概念才能有效使用
- 正在向新 Beta 档案与扩展 PDB ID 迁移，相关工作流需要跟着调整
- 官网未公开中文界面支持情况
PDB蛋白质结构关键指标
| 指标 | 数值 | 数据来源 |
|---|---|---|
| PDB 三维结构数 | 260,626 | RCSB PDB 首页数据统计 |
| 计算结构模型（CSM）数 | 1,062,058 | RCSB PDB 首页数据统计 |
| 计算结构模型记录数 | 405 | RCSB PDB 首页数据统计 |
| PDB 开放获取周年数 | 55 years | RCSB PDB 首页专题「Fifty-five years of collaborative open-access structural biology」 |
PDB蛋白质结构常见问题
PDB 档案里现在有多少结构？＋
官网首页显示，来自 Protein Data Bank（PDB）的三维结构为 260,626 个；计算结构模型（Computed Structure Models, CSM）为 1,062,058 个。需要区分这两类数据，前者来自实验解析，后者为计算得到。
用 PDB 要付费吗？＋
PDB 档案是开放获取的，站内的 PDB-101 教育资源和图像标注为「all free for use」。wwPDB 也在围绕 PDB 开放获取结构生物学 55 周年做专题，强调档案的开放性质。
怎么按三维形状找结构，而不是按序列？＋
用 3D Similarity Search，它基于 AI/ML 生成的向量嵌入查找形状相似的结构；如果想找的是具有催化或结合位点等功能意义的相似残基排布，则用 3D Motif Search。两者都不依赖序列同源性。
序列检索用的是什么方法？＋
序列相似性搜索使用 MMseqs2 方法，用于查找包含相似核苷酸或蛋白质序列的结构；如果只关注序列中具有生物学意义的小段保守区域，则用序列基序搜索（Sequence Motif Search）。
小分子配体怎么检索？＋
用 Chemical Similarity 检索，支持输入 SMILES、InChI 或化学式来查找小分子。此外还有「获取化学搜索」的网络研讨会，讲解 RCSB PDB 与 wwPDB 用于访问 PDB 结构中小分子化学与结构信息的资源。
结构检索结果太多怎么办？＋
可以先用基于序列的聚类（Sequence-based Clustering）和分组摘要页（Group Summary Pages）归并结果，再对代表性条目做成对结构比对。成对结构比对支持多种计算方法，可按需选择。
看三维结构用什么工具？＋
站内提供 Mol* 查看器，文档涵盖入门、选择、按序列导航、显示管理和常见操作，并附速查表。Mol* 还支持沉浸式 AR/VR。另有 Jmol 查看器，以及从 NGL 迁移到 Mol* 的界面迁移指南。
PDB蛋白质结构竞品对比
| 工具 | 编辑评分 | 价格 | 核心功能 | 平台 |
|---|---|---|---|---|
| PDB蛋白质结构本工具 | 4.1 | 开放获取，免费使用 | 浏览注释检索；化学相似性搜索；3D 相似性与基序搜索；序列与基因组视图 | Web / API |
| PDB-101本工具 | — | 教育资源与图像免费使用 | RCSB PDB 面向教育与科普的板块，提供分子之月、结构生物学与诺贝尔奖等专题材料 | Web |
| PDB Beta Archive本工具 | — | 未标价 | PDB 正在迁移的新版档案，配套扩展 PDB ID 与 PDBx/mmCIF 格式，官网提供过渡期线上培训 | Web |
PDB-101 面向教学与科普，适合学生和教师了解结构生物学；主站面向研究与数据使用，适合需要检索、比对和下载结构数据的研究人员。新版 Beta 档案则面向需要跟进扩展 PDB ID 与 PDBx/mmCIF 的工作流——正处在格式迁移期的团队应优先在新档案上验证流程。
PDB蛋白质结构最新动态
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SARS-CoV-2 结构数据统计
COVID-19/SARS-CoV-2 资源页按 2026 年 10 月 1 日统计 PDB 结构，涵盖主蛋白酶、刺突蛋白与受体结合域、木瓜样蛋白酶及其他 SARS-CoV-2 结构。
官方公告 ↗ -
Ask A Biocurator Anything 活动
官网开放 11 月 3 日「Ask A Biocurator Anything」线上活动的报名。
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新版 Beta 档案过渡线上办公时间
官网开放 10 月 22 日虚拟办公时间报名，主题为迁移到新的 PDB Beta Archive、扩展 PDB ID 与 PDBx/mmCIF。
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pdb_extract 网络研讨会
开放 12 月 7 日关于 pdb_extract 的网络研讨会报名。
