行从头拼接
基于 MPI 实现的并行版本，可拼接比单处理器更大的基因组；单处理器版本适合最大 100 Mbases 的基因组。
官方说明 ↗ABySS
AI TOOL PROFILE工具资料面向短读长数据的并行从头序列拼接软件
价格开源软件，采用 GPLv3 许可证，免费
平台Linux / Unix
归类其他 AI 工具
收录2026-10-12
复核2026-10-12
编辑评分
4.3 / 5
★★★★☆
ABySS编辑总结
ABySS 是由 BC Cancer 的 Michael Smith 基因组科学中心（GSC）团队开发的从头（de novo）、并行、双端序列拼接工具，专为短读长测序数据设计。单处理器版本可拼接最大 100 Mbases 的基因组，并行版本基于 MPI 实现，能处理更大基因组。最新版本 2.1.5 于 2018 年 12 月 4 日发布，采用 GPLv3 许可证。2.0 版本引入 Bloom 过滤器策略，在保证支架连续性的同时将内存占用降到 MPI 装配的十分之一以下。面向没有现成参考基因组的测序项目，需自行编译和准备计算环境。
ABySS是什么？
ABySS 是一款从头（de novo）、并行、双端序列拼接软件，专为短读长测序数据设计。它由 BC Cancer 下属的 Michael Smith 基因组科学中心（GSC）开发，主要用于在没有参考基因组的情况下，将测序得到的短片段重新组装成较长的连续序列。
单处理器版本适合拼接最大 100 Mbases 的基因组；并行版本基于 MPI 实现，可处理更大的基因组。2.0 版本引入 Bloom 过滤器技术，据 2.1.4 版本的发布说明，Bloom 过滤器装配在支架连续性上已与 MPI 装配相当、正确性更优，且内存需求不到 MPI 装配的十分之一；在人类基因组数据上，Bloom 过滤器装配耗时比 MPI 装配长约数小时（48 线程下约 17 小时对 13 小时）。ABySS 2.1.0 起支持使用 linked reads 进行错误装配校正和支架构建，需另行安装 Tigmint 与 ARCS。
普通测序用户通常通过命令行调用，需自行从源码编译（依赖 MPI、Boost 等）。开发者可将 ABySS 集成进分析流程，或利用 abyss-samtobreak 等配套程序评估装配质量。转录组数据拼接可直接使用同系列的 Trans-ABySS。
ABySS核心功能
Bloom 过滤器装配
2.0 版本引入 Bloom 过滤器装配路径。据 2.1.4 发布说明，其支架连续性与 MPI 装配相当、正确性更优，内存需求不到 MPI 装配的十分之一。
linked reads 支持
2.1.0 起支持使用 linked reads 进行错误装配校正和支架构建，依赖 Tigmint 与 ARCS，需另行安装。
支架优化选项
2.1.2 为 DistanceEst 增加 --median 选项，使人类基因组支架 N50 提升约 10%；为 konnector 和 abyss-sealer 增加 --max-cost 选项以限制低 k 值下的超长运行时间。
装配质量评估
提供 abyss-samtobreak 程序用于错误装配评估，2.0.3 对其做了多项可用性改进。
转录组拼接
转录组数据拼接由同系列的 Trans-ABySS 承担，ABySS 本体定位为基因组短读长拼接。
官方说明 ↗ABySS值不值得用？
当项目没有参考基因组、测序数据为短读长、且需要控制内存占用时，ABySS 是值得考虑的开源选项，尤其是 2.1.x 的 Bloom 过滤器路径，在人类数据上内存不到 MPI 装配的十分之一，代价是耗时略长（48 线程约 17 小时对 13 小时）。若更在意绝对速度、或需要图形界面和商业支持，则要另行评估。当前最新版本为 2018 年 12 月 4 日发布的 2.1.5，之后没有更新记录，新平台兼容性需自行验证。
建议选它的情况
- 没有参考基因组、需要从头拼接短读长数据的测序项目
- 计算节点内存有限，希望用 Bloom 过滤器路径压缩内存占用
- 已有 MPI 集群环境、能自行从源码编译的团队
不建议选它的情况
- 需要商业技术支持或图形化操作界面的用户
- 希望工具持续更新、跟进最新测序平台的团队
ABySS使用建议
入门先把路子走对
- 先看当前发布页从 GitHub release page 获取最新版源码，当前最新为 2.1.5（2018-12-04），再按仓库说明配置编译环境。
- 小基因组用单机版基因组不超过 100 Mbases 时可直接用单处理器版本，省去配置 MPI 的步骤。
- 转录组改用 Trans-ABySSRNA-seq 数据不要直接喂给 ABySS，官网指明转录组拼接应使用同系列的 Trans-ABySS。
进阶省时间也省钱
- 内存紧就开 Bloom 过滤器2.1.4 起 Bloom 过滤器装配内存不到 MPI 装配的十分之一，人类数据下仅比 MPI 多约数小时（48 线程 17 小时对 13 小时）。
- 低 k 值加 --max-costkonnector 和 abyss-sealer 在低 k 值下可能运行极久，2.1.2 新增的 --max-cost 可以限制最长运行时间。
- 人类数据试 --medianDistanceEst 的 --median 选项在 2.1.2 中使人类基因组支架 N50 提升约 10%，拼接人类数据时可开启对比。
- linked reads 要另装依赖使用 Tigmint 与 ARCS 做 linked reads 校正和支架构建前，需先单独安装这两个工具。
ABySS适合谁用？
无参考基因组的测序团队
推荐手上有短读长数据、没有参考序列可比对，需要从头拼接出基因组草图。
内存受限的集群用户
推荐节点内存吃紧，可走 Bloom 过滤器路径，内存需求不到 MPI 装配的十分之一。
RNA-seq 研究者
有条件转录组拼接应改用同系列的 Trans-ABySS，直接使用 ABySS 不是设计用途。
需要商业支持的用户
不推荐ABySS 为 GPLv3 开源项目，官网未说明提供商业技术支持或托管服务。
ABySS优点和缺点
优点
- 开源 GPLv3，无授权费用
- 单处理器版本可拼接最大 100 Mbases 基因组
- MPI 并行版可处理更大基因组
- Bloom 过滤器装配内存不到 MPI 装配的十分之一
- 2.1.0 起支持 linked reads 校正与支架构建
缺点
- 最新版本 2.1.5 发布于 2018-12-04，之后无更新记录
- Bloom 过滤器装配在人类数据上比 MPI 慢数小时（48 线程 17 对 13 小时）
- linked reads 功能依赖另行安装 Tigmint 与 ARCS
- 官网未说明图形界面或商业支持
ABySS关键指标
| 指标 | 数值 | 数据来源 |
|---|---|---|
| 单处理器版本支持基因组规模 | 100 Mbases | ABySS 官网 |
| 最新版本号 | 2.1.5 | ABySS 官网发布列表 |
| 最新版本发布日期 | Dec 04, 2018 | ABySS 官网发布列表 |
| 人类基因组 Bloom 过滤器装配内存占比 | 不到 MPI 装配的 1/10 | ABySS 官网 2.1.4 发布说明 |
| 人类基因组装配耗时（48 线程） | Bloom 过滤器约 17 小时 vs MPI 约 13 小时 | ABySS 官网 2.1.4 发布说明 |
| 人类基因组支架 N50 提升 | 约 10% | ABySS 官网 2.1.2 发布说明 |
ABySS常见问题
ABySS 免费吗？＋
免费。所有列出的发布版本（2.0.1 至 2.1.5）均采用 GPLv3 许可证，属于开源软件，无需支付授权费用。
最新版本是多少？＋
当前最新为 2.1.5，发布于 2018 年 12 月 4 日，内容是编译器修复与提高栈大小限制以避免栈溢出。再往前 2.1.4 改进了 Bloom 过滤器装配的连续性与正确性。
能拼接多大的基因组？＋
单处理器版本适合拼接最大 100 Mbases 的基因组；并行版本使用 MPI 实现，可拼接更大的基因组。具体上限取决于计算资源。
拼接转录组数据可以吗？＋
ABySS 本体面向基因组短读长拼接。官网指向转录组拼接应使用同系列的 Trans-ABySS。
怎么控制内存占用？＋
2.0 版本引入 Bloom 过滤器装配路径。据 2.1.4 发布说明，其内存需求不到 MPI 装配的十分之一，而支架连续性与 MPI 装配相当、正确性更优。
国内能用吗？＋
ABySS 是本地编译运行的命令行工具，官网未提及地域限制；实际能否使用取决于本地能否获取源码和搭建编译环境。
ABySS最新动态
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2.1.5 发布
编译器修复，并提高栈大小限制以避免栈溢出。
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2.1.4 发布
大幅提升 Bloom 过滤器装配的连续性与正确性，内存不到 MPI 装配的十分之一。
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2.1.3 发布
修复一个破坏 ABySS-LR 流程（Tigmint/ARCS）的 SAM 格式错误。
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2.1.2 发布
新增 DistanceEst 的 --median 选项，人类基因组支架 N50 提升约 10%；为 konnector 和 abyss-sealer 增加 --max-cost。
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2.1.1 发布
错误修复，Bloom 过滤器装配连续性/正确性有小幅改进，Sealer 并行化改善。
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2.1.0 发布
新增使用 linked reads 进行错误装配校正和支架构建，支持同时优化 seed 长度与最小支持读对数。
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2.0.3 发布
大型数据集上 MPI 装配与 Bloom 过滤器装配的可靠性改进，abyss-samtobreak 多项可用性改进。
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2.0.2 发布
修复 gcc-6 和 boost-1.62 下的编译错误。
