晶体结构显示
读取 XSF 等结构文件,将晶体结构以三维方式呈现,可配合状态文件保存并复现同一套显示设置。
官方说明 ↗拖动滑块完成拼图,通过后发送验证码
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XCrySDen 全称 Crystalline Structures and Densities,是一款运行在 X-Window 环境下的晶体结构与电子密度可视化程序,由 Tone Kokalj 维护,最新版本为 1.6.2,于 28 Oct 2019 发布。它不仅能读取自身的 XSF 格式,还针对 CRYSTAL、Quantum ESPRESSO、WIEN2k、VASP、SIESTA、CASTEP、ABINIT 等主流第一性原理计算程序提供配套的转换工具。程序已移植到 Mac OS 和 Windows(后两者分别需要 X11 及 CYGWIN 或 WSL),但界面风格偏传统,上手需要一定的命令行基础。
XCrySDen 是一款面向计算材料科学与量子化学研究者的三维可视化工具,名称取自 Crystalline Structures and Densities,末尾的 X 表示它运行于 X-Window 环境。程序由 Tone Kokalj 维护,主要用于显示晶体结构与电子密度这类固体物理计算结果。
当前最新版本为 1.6.2,发布于 28 Oct 2019。配套工具覆盖多个第一性原理计算程序:对 CRYSTAL、Quantum ESPRESSO、WIEN2k 提供直接支持,另有 xsfConvert(面向 VASP 和 TB-LMTO-ASA)、Sies2xsf(面向 SIESTA)、c2x(面向多种 DFT 代码)、check2xsf(面向 CASTEP)、Cut3D(面向 ABINIT)等外部转换工具。
普通研究者可以打开晶体结构文件并调整显示参数;进阶用户可以借助命令行选项(例如 xcrysden --xsf mo-1.xsf)加载单个轨道文件,并通过 File-->Save Current State 把显示设置存成状态文件,再用脚本批量复现同一套显示效果。程序已移植到 Mac OS 和 Windows,但在后两个平台上分别需要 X11 以及 CYGWIN 或 WSL 才能运行。
读取 XSF 等结构文件,将晶体结构以三维方式呈现,可配合状态文件保存并复现同一套显示设置。
官方说明 ↗面向晶体电子密度数据,支持轨道等计算结果的可视化,例如通过 xcrysden --xsf mo-1.xsf 加载单个轨道文件查看。
官方说明 ↗内置费米面查看器,用于展示材料的费米面形态,配套文档中单独说明其使用方法。
官方说明 ↗为 CRYSTAL、Quantum ESPRESSO、WIEN2k 提供直接支持,方便把计算结果导入 XCrySDen 查看。
官方说明 ↗提供 xsfConvert(VASP、TB-LMTO-ASA)、Sies2xsf(SIESTA)、c2x(多种 DFT 代码)、check2xsf(CASTEP)、Cut3D(ABINIT)等转换工具。
官方说明 ↗定义了自己的 XSF(XCrySDen Structure File)格式,配套文档对其结构做了说明,便于其它程序读写。
官方说明 ↗支持命令行选项配合状态文件使用,可先用 File-->Save Current State 保存显示设置,再通过脚本批量执行同样的显示流程。
官方说明 ↗已移植到 Mac OS 和 Windows,其中 Mac OS 需要 X11,Windows 需要 CYGWIN 或 WSL 才能运行。
官方说明 ↗当你要把 CRYSTAL、Quantum ESPRESSO、WIEN2k、VASP、SIESTA、CASTEP 或 ABINIT 的计算结果做成可直接用于论文的晶体结构和电子密度图时,XCrySDen 是成熟且对口的选择,配套的格式转换工具能省掉不少手动整理数据的步骤。如果只是偶尔画一张结构图、不想碰命令行,或者需要一套现代风格的交互界面,它 1.6.2 版本、28 Oct 2019 发布的时间点意味着更新节奏较慢,投入学习成本前要先衡量使用频率。
需要把计算得到的晶体结构和电子密度画成论文插图,XSF 格式和费米面查看器正是为这类场景准备的。
用 VASP、SIESTA、CASTEP、ABINIT 等程序做计算的人,可通过 xsfConvert、Sies2xsf、check2xsf、Cut3D 把结果转进来查看。
一次要出同一套显示风格的很多张图,可用状态文件加命令行脚本批量执行,比逐张手调省时间。
习惯拖拽式操作、不愿接触命令行的用户,上手需要额外的学习成本,用起来不会太顺手。
Windows 上需要 CYGWIN 或 WSL 才能运行,且当前版本 1.6.2 发布于 28 Oct 2019,更新节奏较慢。
| 指标 | 数值 | 数据来源 |
|---|---|---|
| 最新版本 | 1.6.2 | 官网首页与 News |
| 1.6.2 发布日期 | 28 Oct 2019 | 官网 News |
| 文档压缩包大小 | 7.5 MB | 官网 Documentation 页面 |
它是一款运行在 X-Window 环境下的晶体结构与电子密度可视化程序,名称取自 Crystalline Structures and Densities。研究者用它把第一性原理计算得到的结果画成三维图像,官网的 Gallery 和 Screenshots 里有实际效果示例。
最新版本为 1.6.2,于 28 Oct 2019 发布,发布消息列在官网 News 栏目中。此后官网首页仍标注这一版本号,没有更新的版本信息。
对 CRYSTAL、Quantum ESPRESSO、WIEN2k 提供直接支持;另配套 xsfConvert(面向 VASP 和 TB-LMTO-ASA)、Sies2xsf(面向 SIESTA)、c2x(面向多种 DFT 代码)、check2xsf(面向 CASTEP)、Cut3D(面向 ABINIT)等外部转换工具。
官网的 Terms of use 说明,在科学出版物中使用 XCrySDen 生成的图形时,建议显式引用,并给出了推荐格式:A. Kokalj, J. Mol. Graphics Modelling, 1999, 17, 176--179,代码来源为官网地址。
可以。程序已移植到 Mac OS 和 Windows,但 Mac OS 上需要 X11,Windows 上需要 CYGWIN 或 WSL 才能运行,装之前要先准备好对应的运行环境。
先把轨道等结果算出来保存成 mo-*.xsf 这类文件,再逐条用命令行加载;显示设置调好后通过 File-->Save Current State 存成状态文件,之后复用该状态文件即可复现同样的显示效果。
有。官网提供安装说明、短介绍、主窗口与菜单说明、命令行选项说明,以及 XSF 格式和费米面查看器的专门文档,另有 HOWTO 和 FAQ,文档可以以 tar-gzipped 压缩包形式下载。
官网 News 栏目公布 1.6.2 版本发布,这是页面中标注的最新版本。
官方公告 ↗