分子对接采样
把候选小分子放入蛋白结合位点进行构象采样，DOCK 3.8 改进了采样算法，并加强对采样过程的控制，便于研究者按靶点情况调整搜索范围。
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收录2026-10-12
复核2026-10-12
编辑评分
4.2 / 5
★★★★☆
DOCK编辑总结
DOCK 是由 Kuntz 研究小组发展起来的一款分子对接程序，用于把候选小分子在蛋白结合位点中进行构象采样与打分排序。当前公开的最新版本为 DOCK 3.8 与 DOCK 6.13，并附带教程与测试集帮助新手入门。它的优势在于学术背景明确、提供教程与测试集、并在 3.8 版本中改进了采样算法与内存占用；短板是版本信息较分散、许可与获取路径需要单独查阅，且公开资料以学术论文与文档为主，缺乏面向大众的产品化说明。
DOCK是什么？
DOCK 是一款分子对接程序，由 Kuntz 研究小组发展而来，主要服务于药物发现场景中「把候选小分子放进蛋白结合位点并评估结合可能性」这一任务。使用者通常是计算化学、结构生物学方向的研究人员，用它对化合物库做虚拟筛选，缩小后续实验验证的范围。
当前公开的版本包括 DOCK 3.8 与 DOCK 6.13。DOCK 3.8 的更新点集中在几处：新增带完整原子类型与键信息的 mol2 输出、改进采样算法并加强对采样的控制、支持多个配体姿态输出、降低内存占用、改进羟基采样、提供逐原子打分拆解，并移除了会生成冲突构象的环节。相关方法发表于 PLOS ONE 2013，作者为 Coleman、Carchia、Sterling、Irwin 和 Shoichet。
不同角色的用法不同。刚接触的研究生可以先用教程与测试集跑通一遍流程，再换成自己的靶点；有经验的研究者则更关注采样控制与逐原子打分拆解，用来判断某个姿态是否合理；团队使用时会涉及许可信息的确认，需要在使用前查阅获取与许可相关说明。
DOCK核心功能
多姿态输出
支持输出多个配体姿态，而不是只给一个结果，方便研究者对比同一分子在结合位点中的不同摆放方式，再结合打分判断哪个更可信。
逐原子打分拆解
提供逐原子的打分函数拆解，可以看到总分由哪些原子的贡献构成，便于排查打分异常或理解某个姿态为何得分偏高。
mol2 输出
新增的 mol2 输出带完整原子类型与键信息，方便把结果导入其他分子建模或可视化工具继续处理，减少格式转换带来的信息丢失。
羟基采样改进
针对羟基的采样做了改进，对含羟基的配体在结合位点中的取向搜索更充分，减少因羟基朝向不合理而错失可用姿态的情况。
内存占用降低
DOCK 3.8 降低了内存使用，对化合物库规模较大、单机内存有限的研究者来说，可以在同等硬件条件下处理更大的筛选任务。
教程与测试集
提供 DOCK3.8 文档、教程以及测试集，新用户可以先按教程跑通流程，再用测试集验证本地环境是否配置正确，降低上手门槛。
DOCK值不值得用？
当任务是把化合物库做一轮虚拟筛选、缩小实验验证范围时，DOCK 值得考虑：它有明确的学术论文支撑，提供教程与测试集，DOCK 3.8 还改进了采样算法、羟基采样并降低了内存占用。当需要开箱即用的图形界面、或希望有商业化技术支持时，要多留意——公开资料以文档和论文为主，许可与获取路径需要单独查阅确认。建议先用测试集跑通流程，确认本地环境与预期一致，再投入大规模筛选。
建议选它的情况
- 做虚拟筛选、需要把化合物库按结合可能性排序的研究者
- 想用逐原子打分拆解排查姿态合理性的结构生物学方向用户
- 能接受以文档和论文为主、自行搭建运行环境的高校或实验室团队
不建议选它的情况
- 希望有图形界面、点几下就能出结果的产品化工具的用户
- 需要厂商提供商业技术支持与 SLA 保障的项目
DOCK使用建议
入门先把路子走对
- 先跑教程先按 DOCK3.8 文档与教程完整走一遍流程，确认输入输出格式、参数含义与运行步骤，再换成自己的靶点。
- 用测试集验证用官方提供的测试集跑一次，确认本地环境配置正确、结果可复现，避免把环境问题误判成对接结果问题。
- 先读许可说明下载前先查阅 DOCK 3.8 页面上的许可信息与获取入口，确认所在机构的使用方式允许后再安装。
- 引用对应论文使用 DOCK 3.8 时按官方要求引用 Coleman、Carchia、Sterling、Irwin 和 Shoichet 发表于 PLOS ONE 2013 的论文。
进阶省时间也省钱
- 调采样控制DOCK 3.8 的采样算法支持更好的控制，对结合位点较深的靶点可以适当加大采样范围，对浅口袋则收紧以减少无效计算。
- 看逐原子打分姿态得分异常时，用逐原子打分拆解定位是哪些原子贡献异常，常见原因是质子化状态或羟基朝向设置不合适。
- 利用 mol2 输出把带完整原子类型与键信息的 mol2 结果直接导入后续建模或可视化流程，省去手工补键和类型的时间。
DOCK适合谁用？
药物发现方向研究生
推荐用教程与测试集可以快速跑通分子对接流程，适合把 DOCK 作为课程或课题中的虚拟筛选工具。
计算化学研究者
推荐逐原子打分拆解与多姿态输出便于核查结果，采样控制也给了按靶点调参的空间。
结构生物学实验室团队
有条件内存占用降低后可在单机处理更大筛选任务，但团队使用前需先确认许可方式。
需要图形界面的用户
不推荐公开资料以文档与论文为主，习惯点击式操作、不愿配置运行环境的用户上手会比较吃力。
DOCK优点和缺点
优点
- DOCK 3.8 改进采样算法并加强对采样的控制
- 提供逐原子打分函数拆解，便于排查异常得分
- 支持多个配体姿态输出，方便横向对比
- 新增 mol2 输出带完整原子类型与键信息
- 改进羟基采样，降低取向不合理造成的漏筛
- 内存占用降低，同等硬件可处理更大任务
缺点
- 公开资料以文档与论文为主，缺少产品化说明
- 许可与获取路径需单独查阅确认
- 版本信息分散在 3.8 与 6.13 两个页面
- 没有图形界面，需要自行搭建运行环境
DOCK常见问题
DOCK 是免费的吗，怎么获得？＋
公开页面设有「获取 DOCK」与「许可信息」入口，说明获取方式与许可条款需要按官方说明确认。页面未直接标出价格与授权类型，使用前应先查阅对应说明，再决定是否下载 DOCK 3。
当前主力版本是哪个？＋
公开页面上列出了 DOCK 3.8 与 DOCK 6.13 两个版本。DOCK 3.8 的更新点包括改进采样算法、多姿态输出、逐原子打分拆解、降低内存占用、改进羟基采样等；6.13 也在版本发布列表中出现。
DOCK 3.8 相比之前有哪些变化？＋
主要变化包括：新增带完整原子类型与键信息的 mol2 输出，改进采样算法并加强对采样的控制，支持多配体姿态输出，降低内存占用，改进羟基采样，提供逐原子打分拆解，并移除了会生成冲突构象的环节。
用它做研究要引用什么？＋
使用 DOCK 3.8 时，官方要求引用 Coleman、Carchia、Sterling、Irwin 和 Shoichet 发表于 PLOS ONE 2013 的论文。投稿或撰写报告时可以据此标注来源。
新手怎么上手，有没有教程？＋
页面提供 DOCK3.8 文档、教程与测试集。建议先按教程完整跑通一遍，再用测试集验证本地环境配置是否正确，确认结果可复现后再换成自己的靶点做筛选。
