统一搜索入口
网站头部 omni-search 支持跨 PDB ID、关键词、作者、配体、EMDB、BMRB 及序列一次检索，输入序列时会出现「Search using Sequence Navigator」链接。
官方说明 ↗
价格官网未标价
平台Web / API
归类数据分析
收录2026-10-07
复核2026-10-07
编辑评分
4.1 / 5
★★★★☆
PDBj日本蛋白质结构数据库编辑总结
PDBj（Protein Data Bank Japan）由大阪大学蛋白质研究所运营维护，是 wwPDB 全球统一生物大分子立体结构数据库的日本节点。它在提供 PDB、BMRB、EMDB 等核心数据检索与数据沉积服务的同时，还集成 NMR、电子显微镜、序列比对、功能预测、结合位点、三维结构等大量结构解析相关应用工具。网站提供 omni-search 统一搜索入口，可跨 PDB ID、关键词、作者、配体、EMDB、BMRB 与序列等多种资源一次检索。作为科研基础设施，其定位与商业工具明显不同，功能与数据均面向学术研究开放。
PDBj日本蛋白质结构数据库是什么？
PDBj（Protein Data Bank Japan，日本蛋白质结构数据库）是一个依托大阪大学蛋白质研究所、与其联合开发及共同研究的重点项目。它在运营维护全球统一的生物大分子立体结构数据库的同时，还提供各种与结构解析相关的应用工具及数据库。PDBj 由 JST-NBDC（JPMJND2205）和 AMED-BINDS 联合提供支持，其标识设计采用了细胞色素 c（PDBID：1cyc），这是日本确定的第一个结构。
作为 wwPDB 的日本节点，PDBj 提供 PDB、BMRB、EMDB 等核心数据的检索、数据沉积和查看服务，覆盖 NMR、电子显微镜、二级结构、序列、相似性、功能预测、化学组分、结构预测、结合位点、表面结构、三维结构、基因组、RDF、SPARQL、基因、疾病、药物等主题。网站头部设有 omni-search 统一搜索入口，可跨 PDB IDs（含现行、未来与废弃条目）、PDB 关键词、PDB 作者、PDB 化学配体 ID（comp_id）、BIRD IDs、Promode Elastic 条目 ID、PDBj 帮助文章标题、PDB Molecule of the Month 文章标题、EMDB IDs、BMRB IDs 以及序列等资源一次检索；输入蛋白序列时还会额外出现「Search using Sequence Navigator」链接。
普通科研用户可以把它当作结构数据的检索、浏览与下载入口；实验结构生物学家可以通过沉积服务提交新解析的结构；开发者与计算生物学研究者则可以借助其提供的各类结构解析工具、RDF 与 SPARQL 接口进行数据集成与批量分析。
PDBj日本蛋白质结构数据库核心功能
多类数据检索
覆盖 PDB（含现行、未来与废弃条目）、BMRB、EMDB 三类核心库，可按关键词、作者、comp_id、BIRD ID 等字段定位条目。
结构数据沉积
提供 deposition 服务，供实验结构生物学家向 wwPDB 提交新解析的生物大分子结构数据。
三维结构查看
提供 viewer 工具，可在浏览器中查看三维结构；服务导航按 viewer 分类列出对应的查看入口。
结构解析工具集
服务按 NMR、电子显微镜、二级结构、序列、相似性、功能预测、化学组分、结构预测、结合位点、表面结构、三维结构、基因组等主题分类组织。
语义数据接口
提供 RDF 与 SPARQL 支持，便于把结构数据接入知识图谱或做程序化批量查询。
服务导航与检索
「Find the service you need」页面可用 Show all services 展开全部服务说明，也可在 Word Search Box 输入关键词缩小范围。
PDBj日本蛋白质结构数据库适合谁用？
结构生物学研究者
推荐需要检索、下载或查看生物大分子三维结构，以及用序列、NMR、电镜等主题工具做分析。
实验结构生物学家
推荐有新的结构解析成果需要提交，可用沉积服务向 wwPDB 提交数据。
计算生物学开发者
推荐需要通过 RDF、SPARQL 或 API 把结构数据接入自己的分析流程，做程序化批量查询。
跨库检索需求者
推荐需要同时查 PDB、EMDB、BMRB 及序列等多类资源，可用 omni-search 一次提交关键词或序列。
商业用途用户
有条件官网未公开商用授权与收费标准，商业项目使用前需先确认数据使用条款。
PDBj日本蛋白质结构数据库优点和缺点
优点
- 由大阪大学蛋白质研究所运营，是 wwPDB 全球统一数据库的日本节点
- 获得 JST-NBDC（JPMJND2205）和 AMED-BINDS 联合支持
- omni-search 可一次检索 PDB、EMDB、BMRB 及序列等多类资源
- 服务按 NMR、电镜、二级结构、序列、功能预测等主题分类，覆盖面广
- 提供 RDF 与 SPARQL 接口，方便程序化集成与批量分析
缺点
- 官网未公开具体定价与免费额度信息
- 标题目录以英文与日文为主，中文界面与文档官网未说明
- 部分服务依赖第三方数据库，使用前需确认对应资源条款
PDBj日本蛋白质结构数据库常见问题
怎么在 PDBj 上做统一检索？＋
网站头部设有 omni-search 搜索栏，可输入 PDB ID（含现行、未来与废弃条目）、关键词、作者、化学配体 ID、BIRD ID、EMDB ID、BMRB ID 等；输入蛋白序列时还会出现「Search using Sequence Navigator」链接，可进一步用序列导航。
PDBj 能提交结构数据吗？＋
可以。网站提供 deposition 服务，供结构生物学家向 wwPDB 提交新解析的生物大分子结构数据，相关入口在服务导航中列出。
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