晶体结构预测
以粒子群优化为核心做全局搜索,在给定化学组分下寻找能量更低的晶体结构,方法学论文发表于 Phys. Rev. B 82, 094116 (2010)。
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CALYPSO 是吉林大学马琰铭团队开发并持续维护的晶体结构预测方法及其同名计算机软件,核心算法为粒子群优化。方法学论文最早发表于 2010 年的 Phys. Rev. B,后续陆续扩展到团簇结构预测、二维层状结构预测、超硬材料设计和表面重构搜索等方向。官网提供发布说明、文档、论文列表、开发者组、论坛、研讨会和数据库等栏目,中文手册与英文手册均可下载。未公开价格与授权方式,获取渠道栏目也需要登录后才能查看。
CALYPSO 是由 Yanming Ma 团队及相关合作者开发的一套晶体结构预测方法,以及实现该方法、同名发行的计算机软件。方法学论文《Crystal Structure Prediction via Particle Swarm Optimization》发表于 Phys. Rev. B 82, 094116 (2010),随后在 Comput. Phys. Commun. 183, 2063 (2012) 上以《CALYPSO: A method for crystal structure prediction》为题系统介绍了这一方法。
方法以粒子群优化为核心,通过全局搜索在给定化学组分下寻找能量更低的结构。除晶体结构预测之外,官方论文列表还覆盖团簇结构预测、基于二维粒子群优化算法的层状材料结构预测、超硬材料的第一性原理结构设计,以及金刚石 (100) 表面的自组装超薄纳米管等表面重构搜索方向。
官网面向不同角色的入口区分明确。普通使用者可以通过 Documentation 栏目查阅在线用户指南、英文字册与中文字册,并下载中文版宣传册;开发者和研究者可以通过 Publications 栏目追溯各方向的方法学论文,通过 Developers Group、Forum、Workshop 栏目参与讨论与交流,通过 DataBase 栏目获取数据,通过 Release Notes 栏目了解版本更新。
以粒子群优化为核心做全局搜索,在给定化学组分下寻找能量更低的晶体结构,方法学论文发表于 Phys. Rev. B 82, 094116 (2010)。
把粒子群结构预测方法推广到团簇体系,对应论文为 J. Chem. Phys. 137, 084104 (2012)。
基于二维粒子群优化算法预测层状材料结构,对应论文为 J. Chem. Phys. 137, 224108 (2012)。
用第一性原理做超硬材料的结构设计,对应论文为 J. Chem. Phys. 138, 114101 (2013)。
搜索表面重构结构,金刚石 (100) 表面自组装超薄纳米管的工作发表于 Nature Commun. 5, 3666 (2014)。
Documentation 栏目提供在线用户指南、中文手册与英文手册,另有中文版宣传册可下载。
查看文档 ↗Publications 汇总各方向方法学论文;Developers Group、Forum、Workshop 提供开发者与用户交流入口。
查看论文 ↗需要给定组分下搜索低能结构,方法学论文从 2010 年 Phys. Rev. B 起有完整引用链可追溯,适合作为计算方案的参考。
团簇结构预测与二维层状结构预测均有专门论文支撑,可分别按 J. Chem. Phys. 137 的两篇文献定位对应方法。
超硬材料设计和金刚石 (100) 表面重构搜索有对应论文,属于方法已覆盖的具体应用方向。
官网主要提供文档、论文与论坛入口,可见内容中未出现图形化在线建模界面或一键出图功能。
授权与免费额度信息,获取渠道栏目需要登录,短期尝试验证成本较高。
它是一套晶体结构预测方法及同名软件,用粒子群优化在给定化学组分下做全局搜索,寻找能量更低的结构。方法学论文最早为 2010 年 Phys. Rev. B 82, 094116,此后扩展到团簇、二维层状材料、超硬材料和表面重构等方向。
有。Documentation 栏目提供在线用户指南、CALYPSO 中文手册和英文手册,另有中文版宣传册可下载,中文使用者可以直接对照查阅。
设有「Getting CALYPSO」栏目作为获取入口,但需要登录后才能进入查看,未注册账号的用户需要先在站内注册。免费额度与授权方式,具体条款需在登录后确认。
给出的讨论渠道包括 QQ 群 295488187,以及 CALYPSO Google Forum。还设有 Developers Group、Forum 和 Workshop 栏目,可分别用于开发者协作、用户提问和专题交流。
| 工具 | 编辑评分 | 价格 | 核心功能 | 平台 |
|---|---|---|---|---|
| CALYPSO本工具 | 4.1 | 未标价 | 晶体结构预测;团簇结构预测;二维层状结构预测;超硬材料设计 | — |
| CSD*晶体结构查询 | — | 未标价 | 简介:CSD,剑桥晶体结构数据... | — |
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