原始测序数据托管
接收高通量测序产生的原始读段文件,按项目、样本、实验等层级组织存放,长期保留并可对外提供下载。
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组学原始数据归档库是中国科学院北京基因组研究所运营的组学数据公开仓储,主要接收高通量测序产生的原始数据及相关元信息,供论文投稿时作为数据可用性声明使用。它的价值在于为国内科研团队提供一个被国际期刊认可的公共数据发布出口,避免数据只能托管在境外平台。提交方需要按流程完成注册、创建提交号、填写元数据并上传测序文件,审核通过后获得可引用的访问编号。它的使用门槛偏高,偏重流程规范而非易用性,对不熟悉生物信息学数据标准的用户不太友好。
组学原始数据归档库是面向生命科学领域的公共数据仓储,由国内基因组学机构建设和维护,专门接收测序类原始数据。研究者完成实验后,可以把测序下机数据、样本信息和实验描述一并提交进来,形成一个对外可引用的数据集合。
它的核心场景是论文配套数据发布。期刊通常要求在投稿时说明原始数据的存放位置,这个平台提供的就是这样一个合规的存放位置,并会为每份数据分配固定编号,便于他人在论文中引用和下载。
不同角色的用法不一样。课题组的实验人员负责准备文件和元数据表,按平台要求的格式整理;通讯作者或数据管理员负责走完提交与审核流程;需要复用数据的研究者则通过检索入口按物种、数据类型或编号查找并下载已公开的数据集。
接收高通量测序产生的原始读段文件,按项目、样本、实验等层级组织存放,长期保留并可对外提供下载。
提交时需要填写物种、样本来源、实验设计、测序平台与文库类型等信息,用来保证数据被他人理解和使用。
审核通过后每份数据获得一个可引用的公开编号,论文中可直接写入该编号作为数据可用性说明。
数据集可设为公开发布,也可在论文发表前保持受控状态,仅在指定范围内共享,满足投稿前保密的需求。
提供按关键词、物种、数据类型的检索入口,已公开的数据集可以被其他研究者浏览、下载和二次分析。
负责整理下机数据和样本信息,需要按模板填写元数据,是实际操作系统最多的人。
投稿时期刊要求提供原始数据存放位置,用它拿到可引用的编号填进数据可用性声明。
通过检索入口查找已公开的测序数据集,下载后做二次分析或方法比较。
研究内容以问卷、文本或数值统计为主,没有原始测序数据,用不上这个平台的存储与发布能力。
平台定位是公开研究数据仓储而非网盘,个人资料、非研究用途的文件不适合提交。
它是存放组学原始数据的公共仓储,主要给做完测序的研究者使用。把下机数据和样本、实验信息提交进来,经过审核后会得到一个可引用的编号,论文投稿时写进数据可用性声明即可。它解决的是论文配套数据往哪儿放的问题。
一般先在平台注册账号,登录后新建一个提交项目并拿到提交编号;接着按官方模板整理元数据表,填好物种、样本、实验和测序参数;再上传原始数据文件;提交后等待审核,有问题会退回修改,通过后获得公开编号。
可以。平台支持把数据集设为受控访问,论文审稿期间只有指定人员能获取,等论文正式发表后再调整为公开发布。这样既满足期刊对数据存放的要求,又不会在见刊前被提前拿走。
研究内容不涉及测序原始数据的人基本用不上,比如只做文本分析、问卷统计或数值建模的课题。另外,把它当成个人网盘存放非研究文件也不合适,平台的定位是可公开的研究数据仓储。
因为数据要被其他人理解并复用,光有测序文件没法判断样本来源和实验条件。物种、组织来源、文库类型、测序平台这些信息决定了别人能否正确解读数据,所以审核时对字段完整性要求较高。
| 工具 | 编辑评分 | 价格 | 核心功能 | 平台 |
|---|---|---|---|---|
| 组学原始数据归档库本工具 | 4.1 | 未标价 | 原始测序数据托管;元数据规范提交;唯一访问编号;公开与受控访问 | — |
| 国家人口健康科学数据中心 | — | 未标价 | 人口健康领域数据汇交、加工、存储、挖掘和共享服务 | Web |
| 国家微生物科学数据中心 | — | 未标价 | 一个微生物基因组及微生物组数据的管理、分析和发布平台,为国内外用户提供一站式的从数据存储 | — |
| 国科知源 | — | 未标价 | 仪器管理与共享服务、科技大数据平台建设等 | Web |
| 国家极地科学数据中心 | — | 未标价 | 成为国内权威的、内容最完整、开放度最高的极地数据共享与服务管理平台,开展极地科学数据的国 | Web |
| 国家青藏高原科学数据中心 | — | 未标价 | 青藏高原研究科学数据资源的收集、保存、管理、共享与应用,通过对青藏高原科学数据应用环境的 | — |