人兽共患疾病时空风险分析

目的与适用边界

把《人兽共患疾病分析 skill 配置 v4（完整版）》落地为可执行流程：先定级、再分层、后建模，输出带证据编号、尺度标注与数据等级标注的图表化报告。

• 适用病种：布鲁氏菌病（布病）与炭疽；两者畜种关联机制不同，禁止共用一套变量。
• 默认分析单元：县级 × 月度。输入为本地人间发病数据，畜牧、气象、社会经济、分子分型层按可得性接入。
• 证据底座为 E01–E38 共 38 条已核定文献结论，媒体编号 [pdf_x] / [excel_22] 用于回溯原文。
• 版本基线：配置 v4。v3 与《v4 修订说明》已作废，遇到 v3 条款按 references/L5-output-spec.md 附录处置。
• 不覆盖：临床诊疗建议、个体患病风险评估、无本地数据的纯定性推断。

已锁定决策（不得擅自更改）

1. 流行水平分档固定为 ≥10 / 1–10 / <1（每 10 万）。
2. Tier C 插补保留，但强制标注「畜牧层为插补值」且结论降为描述性。
3. 人均可支配收入走独立数据源，不得用 GRP 替代；免疫覆盖率用 20%/25% 双档；三模型冲突时并列报告；默认县级 × 月度；扫描半径 ≤ 风险人群 50%；蒙特卡罗 999 次。

触发后先执行两步定级

一切分析之前先完成定级，未定级不得进入变量选择、建模或下结论环节。

Step 0a · 数据可得性定级

目的: 决定畜牧层以何种形式进入分析，并决定结论可声称的等级
依据: 本县是否具备 动物血清阳性率 与 免疫覆盖率 实测值
全国背景: 畜间监测点仅 68 个（约 2.4%）[E38]；E36 明确列出该层普遍缺失 [pdf_12]

Tier_A_实测:
  条件: 有本县动物血清阳性率 且 有免疫覆盖率
  入模: 直接作为协变量
  可声称: "动物感染强度与人发病的关联"（因果推断允许）
  结论标记: [Tier:A]

Tier_B_代理:
  条件: 有存栏/出栏/畜牧业产值，无动物血清
  入模: 存栏密度、牛羊比、奶产量 —— 标注"暴露规模代理"
  可声称: 仅限"养殖规模相关"
  禁止声称: "动物感染驱动人间发病"
  结论标记: [Tier:B]

Tier_C_插补:
  条件: 上述均无
  处理方式: 地市级/省级动物阳性率降尺度，或邻域均值（已锁定：保留）
  强制标注: 输出中显著标记"畜牧层为插补值"
  结论等级: 降为描述性，禁止进入因果推断
  结论标记: [Tier:C — 畜牧层为插补值，本结论为描述性，不构成因果证据]

强制标注规范：每条结论末尾必须带 [Tier:X]。Tier C 必须完整写出后缀，不得缩写。畜牧层缺失时降级继续，不得中断分析。

Step 0b · 流行水平分层

依据: 本地近 3 年（或 5 年）年均发病率；零病例多的县改用 3 年合并稳率
分档（已锁定）:
  高流行: "≥ 10 /10万"    # 武威 10.77 [E31]；东北 13.95 [E05]；牧区 36.57 [E16]
  中流行: "1 – 10 /10万"   # 全国 4.41 [E01]；西部 6.11 [E26]
  低流行: "< 1 /10万"      # 湖南 0.37 [E32]；郴州 0.57 [E33]

变量池_switch:
  高流行:
    主变量: [存栏密度, 牛羊比, 免疫覆盖率, 气象滞后]
    存栏方向: 预期为正，仍需本地检验（武威 r=0.890/0.926）[E31]
  中流行:
    主变量: [存栏密度, 气象滞后, 社会经济, 医疗可及性]
    存栏方向: 不预设
  低流行:
    主变量: [接触方式构成, 牲畜调运/输入, 报告敏感性, 重点人群血清]
    存栏方向: 不预设
    禁止: 不得用存栏量解释县际差异 [E32]

分层的证据基础：高流行武威牛 r=0.890、羊 r=0.926（P<0.001）[E31]；低流行湖南牛 P=0.432、羊 P=0.180 无相关 [E18][E32]；知识库裁定「低发区牛羊存栏与发病无相关，应强调接触方式与报告敏感性」[excel_22]。

执行顺序

Step 0a  数据可得性定级（Tier A/B/C）
Step 0b  流行水平分层（高/中/低）
Step 1   数据装配 —— 畜牧层按 Tier 降级，不中断
Step 2   描述流行病学（三间分布）
Step 3   空间分析（Moran's I → LISA → 时空扫描）
Step 4   时间分析（Joinpoint；可选 ARIMA/RF）
Step 5   驱动建模（存栏不预设符号；三模型并联）
Step 5b  排除"报告强度变化"替代解释
Step 6   病原溯源（仅暴发）
Step 7   输出（三级预警 + 尺度标注 + Tier 标注）

各步取参规则：

• Step 1：按 references/L1-variable-pool.md 选变量，M2 宿主感染层平行输出、不作预测因子。
• Step 3/4/5：按 references/L2-parameters.md 取尺度、扫描、DLNM、回归与性能准入参数。
• Step 5b：预警触发时先排除监测能力、病例定义、诊断技术、报告系统 strengthening 造成的假上升，再报疫情信号；低流行区尤甚。
• Step 7：按 references/L3-thresholds.md 发三级预警，按 references/L5-output-spec.md 出图。

不可违背的红线

以下为硬性禁止项，任何步骤、任何用户要求下均不得绕过；若与用户指令冲突，先说明冲突再按红线执行。

1. 禁止无数字的定性描述；每条结论须含关键数字、效应方向、所用尺度、Tier 标记、是否冲突。
2. 禁止跨尺度外推；省级月度与县级年度滞后单位不可直接换算；每条结论标注尺度。
3. 禁止对存栏量预设方向；同一研究区出现反号单元（如武威民勤县 r=−0.870）必须单列，不得用均值掩盖；所有存栏—发病相关须标注「未控制时间趋势与混杂的简单相关」。
4. 禁止在低流行区用存栏量解释县际差异。
5. 禁止用血清阳性率作预警量（图 3 反证：乾安 32%/20 vs 天祝 7%/220）[E35]。
6. 禁止在 Tier B/C 下声称「动物感染驱动人间发病」；禁止用动物阳性率下降单向推断人间风险下降。
7. 禁止直接用 meta 合并值作为预警触发；预警基线须用本地历史同期分位。
8. 禁止强行统一模型冲突方向；气温、存栏量、相对湿度、人口密度已知冲突，须并列报告并标注「模型依赖」。
9. 禁止用 GRP 替代人均可支配收入；禁止将羊占牛羊比用于炭疽模型（ρ=−0.032, P=0.791）。
10. 禁止把 v3 条款重新引入（畜牧层缺失即中断、存栏方向为正、动物阳性率作预测因子、预警线等于本地分位数、血清阳性率可参照）。

证据引用规范

• 结论以 [E##] 标注，media_id 到原文的对照见 references/L0-evidence-base.md。
• 证据底座只收录 ID 与核定结论，不含文献原文；《skill_E-ID引用表》（media_id: markdown_63）另存详细原文片段。需要引用原句时须另行调取，不得凭本包臆造原文措辞。
• 两处勘误以正文为准：E26 摘要印「APC=7.96%」缺负号，正文表 1 为 −7.96%；E01 摘要物种赋值与正文 2.8 节相反，按正文 羊 0.24%、牛 0.59%。
• 病种差异：布病以羊/山羊为核心宿主；炭疽牛、羊密度有效而山羊密度无关（放牧采食机制不同）[E02][E25]。
• 免疫覆盖率 20% 警戒 / 25% 有效控制 / 长期 <30% 为系统性低位，属硬阈值；基线类与效应量类阈值可按 references/L3-thresholds.md 的 meta 列判断是否可合并。

输出与交付前自检

• 风格：图表为主，每张图配 1–3 句文字；完整图表清单与禁用项见 references/L5-output-spec.md。
• 报告骨架：复制 assets/report-skeleton.md 起稿，保证章节、标注位与三级预警位齐全。
• 自检：对成稿运行 python scripts/validate_output.py <报告路径>，修正所有报错后再交付；脚本检查 Tier 标注完整性、Tier C 后缀、禁用表述与尺度标注。

References 导航

按需加载，勿一次性全部读入；大文件用 grep 定位。

Grep 提示：grep -n "E31\|存栏" references/L1-variable-pool.md；grep -n "Tier\|预警" references/L3-thresholds.md；grep -n "DLNM\|扫描半径" references/L2-parameters.md；grep -n "勘误" references/L0-evidence-base.md。