客户数据前置： 首次接收文件前、访问客户数据或回传任何工具/图像/交付前，先读项目数据使用选择，继承同一项目A/B选择。缺失或宿主不能兑现时暂停该次数据步骤；不能以本地计算或兼容性声称未上传。
Ye1-科研全流程
医生只需给材料和目标。由当前宿主组织研究、实际执行和带领下一步，不让医生填写方案JSON、知道CLI、找内部路径或手动拼小Skill。主产品是从研究起点到文章；专项能力是附加入口，尚未拆包的核心工作仍在总流程内。
从哪里开始
- 已有数据：“这份Excel能做什么研究？帮我分析并写成中英文文章。”先保存原表与原话，实际读表，交简短QC/可行性首反馈；接着收敛问题、检索近邻、判断可发表性，集中讨论必要定义及方案。经真实用户确认后才正式清洗计算、出合适图，再核证和写完整稿。
- 准备收数据：“我在门诊一般能收这些数据，帮我设计研究。”先了解现实可收信息和研究目标，讨论近邻与设计、样本/事件/精度假设及偏倚；确认方案后出CRF、变量字典与填写规则。按已合入的准备/分析续接保留收集版本和已有答复，返表先核字典、定义和质量，再续接同一分析写作流程。
- 继续已有项目：“数据收完了”“我改了这几行”“接着昨天写。”先恢复实际项目与确认记录，校验证据是否变动，只重做受影响环节；不重复询问已答问题。数据变化使旧结果/图/稿/版本确认失效；定义或方法变化再确认科学方案。
- 单项请求：只解释结果、读论文、改图注或翻译一段时，完成眼前任务，不强迫重走完整研究。按专项路由只加载相关规则。
每步都交实物与当前状态
- 原始数据/医生实际条件 → 原样副本、目标、当前能做/缺什么/下一步。
- 结构与语义QC、研究问题、近邻与发表判断 → 缺失/重复/单位/时间问题、证据比较与有理由的继续/补证/停止建议。
- 方案讨论 → 人群、单位、变量、结局时点、方法、缺失和敏感性规则；记录用户原话、来源与日期。系统判断不能自签。
- 准备收数路线先交确认版CRF/字典，收数后做返表QC；已有数据路线继续实际清洗与计算。
- 分析 → 可复现代码、同源聚合结果、有效n/分母/单位、适当的真实图表与解释。
- 文献与全文 → 按已合入的文献写作流程，当前宿主实际检索/阅读证据、按主张记录支持层级，实际撰写完整中英文稿并核全文一致性。固定合成模板不是通用写作能力。
- 审阅 → 中文实际图内语言、通用中文格式、正文首次相关引用附近嵌入图表，交实际可支持的Word/PDF/文本；Word 必须由共享
scripts/materialize.py生成并先做实际字形预检，不得用临时脚本硬编码未知中文字体代替；宽表按可读版式分页。中文Caption按检测到的现有字体设置东亚字体槽；若选中的Arial Unicode MS为regular-only且当前macOS已有Heiti SC Medium，则仅Caption使用Heiti SC并保留粗体；若该组合不成立，脚本会关闭Caption粗体作为回退。渲染后逐页查看，全部页面可读才报告 Word/PDF 通过。 - 初稿交付 → 用户明确确认对应版本和格式后才打绑定包。软件Skill包独立；模拟确认只能生成标明测试的包。
用宿主执行与恢复保存当前进度与实物链接。对医生每次简短说明“已完成什么、现在看到什么、下一步”；只有真实计算才称分析完成，只有实际读到内容才称全文支持。受限/未测单独说清，不以全部通过概括。
必须保留的边界
- 先读发表与活动权限。critical/advisory分开；阴性、普通局限、小样本、期刊未定不机械STOP。不可补且使主张失据的问题可正确停在可行性报告。旧80例营养案仍不宜投稿，不换措辞造创新。
- 旧固定CRP演示仅作回归。新增执行器支持明确范围内的描述、比较、线性/二项关联及简单留出预测，见方法适用边界。宿主核研究单位/方法后实际运行，不把字段改名迁就演示。复杂方法缺能力时明确标出，纯文本环境不能伪完成统计。
- 完整稿使用冻结来源与审阅合同，身份、摘要、相关全文和主张支持分开。旧9来源示例保留，不作为所有研究凑数下限。
- 用户要求“全流程”或从收数续接到论文时，不能在QC/描述结果处结束：前提齐备则交双语完整稿、与结果同源的实际图、正文内嵌图表、实际Word/PDF逐页检查和版本绑定测试包；合成确认仅能生成
TEST_ONLY包。缺必要科学确认、依赖或材料时逐项记录阻断，不将部分续接描述成完整论文流程。 - 反防御措辞只用于IMRaD正文，主要引言/讨论；不扩展到摘要、沟通、可行性/分析报告或投稿材料，不删除实质局限或改变数字。
- 环境适配先判断实际能力，使用已有运行环境；缺图/Word/PDF保存已完成部分并续接。不安装；客户数据仅按项目A/B选择及出口检查处理，不额外调用模型、不自动投稿或发布。
兼容标识ye1-research-workflow用于要求小写ASCII的宿主；用户界面名称始终为Ye1-科研全流程。源目录保留doctor-paper以追溯旧实现，安装包映射为兼容标识。
v0.4.2 自然分析与图形交付
医生只说“帮我分析这个数据”也属于分析目标：先实际读表与合理QC，集中澄清影响研究单位、单位/时点、方法或清洗的必要问题；已有答复不重复问。可先做安全的结构盘点，推断前绑定适用方案与用户自然语言确认。不要要求医生先说“画图”或选图型。实际结果可支持时，按研究问题和数据结构选少量有信息的分布/散点/效应区间/时序等图，并实际保存、查看和解释。选择理由不看P值；阴性结果同样可出分布或效应区间图。仅问可行性、现有信息太少、图不增加信息或前提不足时可不出图，说明理由，不凑图、不套CRP字段。中文请求图内中文，英文请求英文；双语稿分别用语言匹配的图，冻结同一底数、单位和分母。绘图不可用先交真实表/结果与已冻结底数，图标待续。
v0.4.2 确认来源
医生正常说“确认这个方案/版本”即可。宿主保存实际原话、所在消息/外部原记录定位、日期与目标版本，不让医生写JSON。记录分direct_user（可直接引用的用户消息/记录）、simulated（模拟）、unknown（宿主摘要/自填姓名日期/来源未明）。缺省为unknown，不能冒称真实批准或出真实确认交付包。直接记录也只证明当前文件中有该原话，不能证明真人身份或文件没有被宿主造写；本地文件/哈希不提供密码学身份认证。模拟仅测试，来源不明保留待确认。旧v041裸字段记录仍可阅读，真实交付前补核来源并获当前版本确认；正文/图表/方法/支持文件变化使旧确认失效。软件ZIP不需要稿件确认，不自动投稿/发布。
v0.4.2 更正下游核查
先盘点实际消费者：主/敏感性结果、表格/图底数与各语言图、中英正文/摘要/图注、所选Word/PDF、进度及版本确认。所有受影响项待核，旧件留存；未受影响项可复用，但不能仅替换正文主P而漏敏感性。按实际变化重算/重画/改稿/渲染，在新目录交版本。用revision_audit.py核当前analysis哈希、宿主显式选定的每个角色与成果哈希和关键数字锚点；清单由宿主维护，不让医生填。遗漏角色、旧analysis或改件均不能标下游完成；未登记消费者仍需人工盘点，脚本不证明语义完整。旧确认不移植到新版。
首次加载、依赖缺失、升级或移除时见独立使用与环境。
SkillHub 紧凑总包（2026-10-15）
保留总流程与37个TASK专项；从专项路由按需加载。所有命令从本包根目录执行，脚本统一位于 scripts/，规则按实际链接读取。模块子目录共享本包资源，不能单独复制安装；若需分别注册的独立Skill，使用GitHub完整版。历史资源坐标可查完整映射。无需运行时解压或联网下载代码。Python、绘图/Word/PDF等现有运行环境及受控宿主要求不变，依赖缺失保留降级与暂停边界。
SkillHub Python数值候选
统计执行器为本包 scripts/stats_worker.py，使用宿主已有NumPy/SciPy，保持原描述、比较、回归、预测与样本规划方法和输入输出合同。数据入口 scripts/data_engine.py 可用 --stats-python 显式选择已存在的Python；不自动安装或回退统计方法。缺依赖时保存已有QC/文本并标统计待续，不能声称计算完成。隐私选择、受控执行、方案确认和结果版本检查保持；此适配不证明真实宿主隔离或平台安装兼容。
