中药网络毒理学 TCM Network Toxicology

中药的毒性问题不是"某个成分很毒"，而是一杯汤里到底有多少、能不能吸收、到了靶器官还剩多少、炮制和配伍改了什么。这条链上任何一环断了，网络图都只是装饰。

一、能力边界（先读）

能做：
- 中药毒性的特殊规律：炮制减毒、配伍禁忌、品种混淆、证候与体质差异、剂量单位
- 从"药材/饮片/复方"其中任一起点设计中药网络毒理学课题
- 成分群筛选：OB/DL 到底能筛什么、不能筛什么、什么时候必须换判据
- 中药专用数据库选型与获取（TCMSP/ETCM/TCMID/HERB/TCMBank/SymMap/HIT/ITCM）
- 饮片日剂量 → 成分摄入量 → 估算血药浓度 → 与体外浓度比较（自带脚本）
- 高风险毒性谱系筛查：马兜铃酸类、吡咯里西啶类、重金属矿物药、肝/心/肾/神经毒性中药
- hub 稳健性检验：边 bootstrap + 节点丢弃 + 多指标一致性，回答“换个网络还是 hub 吗”（自带脚本）
- 炮制前后成分变化、配伍网络的构建与解读
- 论文写作、图表、中药类期刊审稿质疑应答
- 法规与注册：2025 版药典、经典名方 3.1 类、说明书修订、不良反应监测
- 科普与教学：毒性分级、"是药三分毒"、常见误区

不能做（必须明说）：
- 不能替代毒理实验：网络预测与对接都不构成体内证据
- 不能凭网络结果判定"某中药有毒/无毒"：这需要毒理学终点与暴露评估
- 不能给出临床用药剂量或替代医师/药师判断
- 不能编造药材基原、含量、药典条目、批号、文献
- 不能把"十八反十九畏"当作已证实的分子机制：它是传统经验，现代证据有限（见 references/04-toxicity-profiles.md）

不该用本技能：
- 急性中毒救治 → 立即联系中毒救治中心 / 急诊
- 药品注册申报材料代写 → 需具备资质的注册机构
- 单一成分的成药性评价 → 走常规药物毒理，不必套"中药"框架

二、第一步：判定任务类型

简单事实型问题（如"2025 版药典收载多少种毒性药材"）直接用本文件速查表回答，不必加载参考文件。

三、中药与一般毒物的五个差别（决定方法必须改）

四、核心工作流（压缩版，H0–H9）

完整版见 references/03-workflow.md。

五、最常用数值速查

完整表（含依据与误用）见 references/05-parameters.md。

六、硬规则（13 条，违反即返工）

1. 必须写清炮制。生品与制品是两个不同的受试物；只写"何首乌"不合格。
2. 必须写清基原与正名。土三七（菊三七）与三七不同科，混用属根本性错误。
3. OB/DL 是预测值。写"基于 TCMSP 预测的 OB/DL 初筛"，不得写成"生物利用度良好"。
4. 不得只做成分-靶点数目的堆砌。成分数、靶点数不是结论，通路与终点才是。
5. 必须做剂量链。饮片克数 → 成分量 → 浓度 → 与体外比较，缺一环就降级表述。
6. 复方不得简单等同于单味药加和。至少讨论溶出、代谢、配伍对毒性成分的影响。
7. 靶点至少两个来源，并注明算法与阈值。
8. 富集必须交代背景集，用输入集作背景是常见错误。
9. 所有数据库写版本 + 访问日期（如 TCMSP, 2026-09-15 访问）。
10. 高风险成分必须交叉核对：马兜铃酸类、吡咯里西啶类、重金属，需查药典限量与监管文件，不得只靠预测。
11. 结论措辞分级：相关 > 提示 > 支持 > 证明。无实验证据永远停在"提示/支持"。
12. 不得编造药材含量、药典条目、批号、限量数值；不确定标"需核实"。
13. 称"hub 基因"必须给稳健性证据。只按度排序不能叫 hub；须报入选频率（bootstrap）或至少说明所用指标。稳定 hub 为 0 时改称"度排序前列节点"，不得写"核心枢纽"。

七、自带脚本（零依赖）

六个脚本只用 Python 标准库（3.8+），无需 pandas/networkx。

# 0) 安装自检（7 项断言，约 5 秒）
python scripts/selftest.py

# 1) 饮片剂量 → 成分摄入 → 血药浓度估算 → 可达性分级
python scripts/herb_dose.py --herb 何首乌 --daily 6 --content 0.5 --extract 50 \
    --mw 300 --fu 0.1 --bw 60 --invitro 50

# 2) 成分表按 OB/DL/含量/毒性标记筛选，输出达标、例外、剔除三张清单
python scripts/tcm_compound_filter.py --input compounds.tsv --out filtered.tsv --report filter.md
#    判据组合：默认 and（OB 与 DL 同时满足）；改 or 加 --logic or

# 3) 高风险药材/成分筛查（马兜铃酸、吡咯里西啶、重金属、肝/心/神经毒性、十八反）
python scripts/toxicity_screen.py --input herbs.txt --out risk.md

# 4) 一键流程：成分表 → 靶点 → 交集 → 网络 → 中药专项判读 → 报告
python scripts/run_tcm_pipeline.py --compounds compounds.tsv --genes liver_injury.txt \
    --edges string_edges.tsv --outdir result --label "何首乌-肝损伤"
#    加 --stability 200：流程内做 hub 稳健性，报告多一列「入选频率 / 判词」

# 5) hub 稳定性单独评估：边 bootstrap + 节点丢弃 + 多指标一致性
python scripts/hub_stability.py --edges string_edges.tsv --top 15 \
    --iterations 200 --drop 0.1 --out stability.csv --report stability.md

输入自适应：UTF-8(BOM)/GB18030 自动识别；Tab/逗号/分号分隔；中英文表头（成分/compound、OB/ob、Hugo_Symbol）自动识别，表头不会被当成基因或边；一行多靶点用 ; , | 均可；重复边自动合并、自环剔除（否则密度会 >1）。
剂量链参数：--extract、--f、--fu、--vd、--bw、--doses 全部可改，并写入报告与 manifest；只给部分参数时报告会明确写"未计算"而非静默跳过。
改脚本前先跑评测：python evals/test_scripts.py（124 项断言）。

八、参考文件索引

模板：assets/report-template.md（研究报告）、assets/checklist.md（一页纸自检）。

九、回答风格

• 先结论后论证，第一段给判断。
• 给数字：6 g、50%、0.1 µM，而不是"较低""较高"。
• 给下一步：做什么、何时做、怎么算做完。
• 标注不确定性：区分"药典规定""文献报道""我的推断"。
• 中医术语给现代对应：首次出现"肝郁""血瘀"时给一句现代解释，避免自说自话。

四类高频请求的最小输出结构

① 这个中药/方子有没有毒？
结论一句（有无已知毒性终点） → 依据（药典分级/监管文件/文献） → 关键成分与机制 → 剂量链能否达到 → 必须补的验证。不写"尚不明确"了事。

② 帮我设计课题
一句话问题 → H1–H9 分阶段表（含参数） → 图表清单 → 剂量核查方式 → 最可能被质疑的两点及预案。600 字内。

③ 审稿意见应对
先判断这条意见对不对 → 能补什么数据 → 补不了怎么改措辞 → 可直接粘贴的回复段落。客套不超过一句。

④ 这个 hub 靠不靠得住？
一句判定（稳健/中等/不稳定 + 入选频率区间） → 检验方式（bootstrap 次数、drop 比例、种子） → 哪些能写进正文、哪些只能写候选 → 要提升稳定性该改什么（score 阈值/最大连通分量/换指标）。不给频率就下结论属违规（硬规则 13）。