文献综述撰写 · 药师节AI培训 Skill

定位（AI 必读）

本 skill 是 AI 撰写药学综述的操作手册，记录了从"读取文献摘要文件"到"生成格式化Word文档"的完整工作流。

• 用户：提供 PubMed 摘要文件 + 知网摘要文件 + 课题方向，提出字数/格式要求
• AI：读本 skill → 解析文献 → 规划结构 → 撰写正文 → 生成 Word 文档
• 目标：一次交付达到发表水平的中文综述 Word 文档

Overview

核心流程：文献读取 → 文献编目 → 综述结构规划 → 正文撰写 → Word文档生成

适用于：
- 药学课题的文献综述撰写
- 药物安全性/有效性叙述综述
- 培训班/学习班的综述作业
- 基于已有摘要文件的快速综述生成

Step 1：读取文献摘要文件

1.1 PubMed 摘要文件（.txt）

PubMed 导出的摘要文件为纯文本格式，可直接用 Read 工具读取。

文件特征：
- 每篇文献以 序号: 开头（如 1: Chinzon D, ...）
- 包含作者、标题、期刊、年份、DOI、PMID 等信息
- 各篇之间以空行分隔

读取方式：

Read 工具直接读取 .txt 文件

1.2 知网（CNKI）摘要文件（.doc）⚠️ 关键技巧

知网导出的 .doc 文件并非真正的 Word 二进制格式，而是 UTF-8 编码的纯文本文件！

这是最容易踩坑的地方。直接用 editor_sdk / tencent-docs-routing 读取会持续报错（"document is not open"），因为文件根本不是 .doc 二进制格式。

正确读取方式：用 Python 直接读取：

doc_path = r'路径\知网文件.doc'
with open(doc_path, 'r', encoding='utf-8') as f:
    content = f.read()
print(content)

知网导出格式字段：
| 字段标记 | 含义 |
|:---|:---|
| SrcDatabase-来源库: | 文献类型（期刊/硕士/博士等） |
| Title-题名: | 文献标题 |
| Author-作者: | 作者列表（分号分隔） |
| Organ-单位: | 作者单位 |
| Source-文献来源: | 期刊/学校名称 |
| Keyword-关键词: | 关键词（分号分隔） |
| Summary-摘要: | 摘要全文 |

各篇文献以空行分隔，每篇以 SrcDatabase- 开头。

1.3 知网参考文献格式文件

知网还可能导出一个参考文献列表文件（同样是 .doc 但实为 UTF-8 文本），格式为：

[1]作者.题名[J].期刊,年,卷(期):页码.
[2]作者.题名[D].学校,年.DOI:xxx.

可用于提取完整的中文参考文献著录信息（卷期页码等）。

1.4 读取优先级

1. 先读 PubMed .txt 文件（Read 工具直接读取）
2. 再读知网 .doc 文件（Python UTF-8 读取）
3. 如有知网参考文献列表文件，也读取（用于补全卷期页码）
4. 统计文献总数，计算中英比例

Step 2：文献编目与分类

读取完所有文件后，对每篇文献进行编目：

2.1 编目信息

为每篇文献记录：
- 编号（C1, C2... 表示中文；E1, E2... 表示英文）
- 作者
- 标题
- 期刊/来源
- 年份
- 关键词
- 摘要核心发现（1-2句话）

2.2 主题分类

按研究内容分类，常见的药学综述分类维度：
- 机制研究（体外/动物/分子层面）
- 临床观察（骨密度、骨代谢标志物、骨微结构等）
- 流行病学证据（队列研究、病例对照）
- 系统评价/Meta分析
- 药物警戒数据
- 特殊人群证据
- 生物信息学分析

2.3 引用顺序规划

温哥华格式要求：参考文献按正文中首次引用的顺序编号。

在撰写前，需要规划各篇文献在正文中的首次出现位置，从而确定最终编号。
建议：先列出文献 → 规划正文大纲 → 模拟引用顺序 → 确定编号 → 撰写正文。

Step 3：综述结构规划

3.1 标准结构模板

根据药学综述的常见结构，推荐以下8章节框架（可按课题调整）：

标题
摘要 + 关键词

1 引言（研究背景、问题提出、文献来源说明）
2 药理学特征概述（作用机制、代表药物、临床应用）
3 影响机制探讨（分子机制、信号通路、基因表达）
  3.1 ...
  3.2 ...
  3.3 ...
4 临床证据（观察性研究、生化指标变化）
  4.1 ...
  4.2 ...
5 流行病学证据（Meta分析、队列研究、药物警戒）
  5.1 ...
  5.2 ...
6 特殊风险因素（老年生理特点、合并用药、交互作用）
7 临床建议（适应症管理、监测方案、个体化策略）
  7.1 ...
  7.2 ...
8 总结与展望（研究局限、未来方向）

参考文献

3.2 结构调整原则

• 文献少于15篇：适当合并章节，如将3-4合并为"机制与临床证据"
• 文献多于30篇：可增加章节，如独立设置"特殊人群"章节
• 偏机制研究：增加分子通路篇幅
• 偏流行病学：增加统计方法讨论

3.3 字数分配参考

Step 4：正文撰写规范

4.1 引用标注格式

• 正文中引用处使用 [阿拉伯数字] 标注，数字按文献首次出现顺序编号
• 示例：PPIs的抑酸作用[1]与钙吸收障碍[2][3]密切相关
• 多篇文献引用时连续标注：[2][3] 或 [2-5]

4.2 撰写要点

1. 层层递进：从机制 → 临床表现 → 流行病学验证 → 临床建议，逻辑链清晰
2. 数据具体：引用关键统计学数据（P值、r值、95%CI等），增强说服力
3. 客观中立：同时呈现支持性和质疑性证据
4. 中外文献穿插：避免大段集中引用单一来源

4.3 中文综述语言规范

• 学术论文用语，避免口语化
• 药物名称首次出现时标注英文：质子泵抑制剂（proton pump inhibitors, PPIs）
• 缩写首次出现时全称+缩写：骨小梁分数（trabecular bone score, TBS）
• 数据格式遵循中文期刊规范

Step 5：Word文档生成

5.1 环境准备

# 确保 python-docx 已安装
C:/Users/xiany/.workbuddy/binaries/python/versions/3.13.12/python.exe -m pip install python-docx

5.2 文档格式规范

页面设置：
- 上下边距：2.54cm
- 左右边距：3.17cm

5.3 关键技术点

1. 设置中文字体：必须同时设置 font.name 和 rFonts.eastAsia，否则中文不生效

run.font.name = '宋体'
run._element.rPr.rFonts.set(qn('w:eastAsia'), '宋体')

2. 引用上标：正文中 [1] 格式的引用需设为上标

run.font.superscript = True
run.font.size = Pt(9)  # 比正文小

3. 参考文献悬挂缩进：

p.paragraph_format.left_indent = Pt(24)
p.paragraph_format.first_line_indent = Pt(-24)

4. 正文中引用标记的正则处理：

pattern = r'(\[\d+\])'
parts = re.split(pattern, text)
for part in parts:
    if re.match(r'^\[\d+\]$', part):
        # 设为上标
    else:
        # 正常正文

5.4 参考文献格式（温哥华格式）

中文文献：

[编号] 作者. 题名[J]. 期刊名, 年, 卷(期): 起页-止页. DOI: xxx.
[编号] 作者. 题名[D]. 学校名, 年. DOI: xxx.

英文文献：

[编号] Author AB, Author CD, Author EF, et al. Title[J]. Journal Name, Year, Volume(Issue): Pages. DOI: xxx.

注意：
- 作者列表：前3位作者全列，超过3位用"等"（中文）或"et al."（英文）
- 文献类型标识：[J]期刊 [D]学位论文 [M]专著 [C]论文集
- DOI 可选，有则附上

5.5 完整生成脚本模板

参考 references/generate_review_template.py 获取完整的 Word 文档生成模板脚本。

使用方法：
1. 复制模板脚本
2. 替换 # ============ 文档内容 ============ 部分的标题、摘要、正文和参考文献列表
3. 运行脚本生成 .docx 文件
4. 用 present_files 展示结果

5.6 质量检查清单

生成文档后，检查以下项目：
- [ ] 中文字数 ≥ 用户要求（通常6000字+）
- [ ] 正文中所有 [数字] 引用都有对应参考文献
- [ ] 参考文献编号与正文引用顺序一致（温哥华格式）
- [ ] 参考文献数量与用户提供的文献总数一致
- [ ] 中英文献比例符合用户要求
- [ ] 文档标题、摘要、关键词、正文、参考文献结构完整
- [ ] 字体格式正确（黑体标题、宋体正文、引用上标）
- [ ] 无乱码、无格式错位

Step 6：交付与记忆

1. 用 present_files 工具展示生成的 .docx 文件
2. 在回复中说明：
   - 文档名称和路径
   - 文献总数和中英比例
   - 字数统计
   - 综述结构概要（章节列表）
3. 更新项目记忆文件（.workbuddy/memory/YYYY-MM-DD.md）

常见问题与陷阱

Q1: 知网 .doc 文件读取报错"document is not open"

原因：知网导出的 .doc 是 UTF-8 纯文本，不是 Word 二进制格式。editor_sdk 无法识别。

解决：用 Python 直接读取：

with open(path, 'r', encoding='utf-8') as f:
    content = f.read()

Q2: python-docx 中文字体不生效

原因：仅设置 font.name 不够，还需设置东亚字体。

解决：

run.font.name = '宋体'
run._element.rPr.rFonts.set(qn('w:eastAsia'), '宋体')

Q3: 引用编号与参考文献顺序不一致

原因：温哥华格式要求按首次引用顺序编号，容易在修改正文后打乱。

解决：撰写前先规划引用顺序，撰写后用脚本验证一致性。

Q4: 文献数量不足40篇但用户要求40篇

原则：用户要求"全部文献必须来源于提供的文件"时，使用文件中全部文献，并在回复中说明实际数量。不编造文献。

Q5: 同一作者有多篇文献

处理方式：在参考文献列表中正常列出，用不同编号区分。正文中引用时标注不同编号。